Proteomica

1.- Espectrómetro de masas  MALDI TOF/TOF, modelo UltrafleXtreme de Bruker

El sistema MALDI-TOF/TOF permite la identificación de proteínas mediante, el análisis de las masas de los péptidos generados por digestión enzimática de las proteínas (PMF), y la fragmentación de los péptidos. Asimismo, permite la determinación con gran sensibilidad y exactitud de las masas moleculares de proteínas, péptidos, oligonucleótidos y otras biomoléculas.

2.- Espectrómetro de masas de trampa de iones, modelo Amazon Speed ETD de Bruker

Este equipo permite la identificación y cuantificación de analitos. La combinación de la nano-cromatografía con el AmaZon Speed ETD permite la identificación de proteínas a partir de mezclas de cierta complejidad, así como la caracterización de modificaciones postraduccionales (PTM) utilizando tecnología de disociación de transferencia de electrones (ETD).

3.- Nanocromatógrafo líquido modelo easy-nLC II, Proxeon

Este equipo funciona acoplado al espectrómetro de masas de trampa de iones permitiendo el análisis de mezclas complejas.

4.- UPLC serie Nexera, Shimadzu

Sistema de cromatografía líquida equipado con bomba cuaternaria capaz de trabajar hasta 1050 bar, automuestrador con refrigeración, horno termostatizado, PAD (photodiode array detector) y colector de fracciones programable. Con este equipo se pueden realizar análisis de pureza, identificación y cuantificación de compuestos mediante cromatografía de fase reversa, así como separación semipreparativa de componentes.

5.- EXQuest Spot Cutter de Bio-Rad

Esta plataforma robótica permite realizar de forma automatizada, la escisión o picado de manchas o bandas de proteínas separadas en geles de poliacrilamida (1 y 2-D), y su transferencia a microplacas para su posterior análisis. El sistema picador obtiene previamente, imágenes de los geles que han sido teñidos, tanto con tinciones visibles (Azul Coomassie, Plata), como con tinciones fluorescentes (Sypro Ruby, Flamingo). Igualmente, permite el recorte de proteínas transferidas a membranas.

6.- DigestPro MS, de Intavis AG

Este robot permite realizar de forma automatizada, bajo condiciones controladas y reproducibles, diferentes procesos de fragmentación enzimática de proteínas, reduciendo la contaminación con queratinas. Asimismo, permite la preparación de las muestras en las placas del espectrómetro de masas  MALDI-TOF para su posterior análisis.

7.- Typhoon 9400, de GE Healthcare, y programas informáticos de análisis de imagen

Este escáner es capaz de obtener imágenes de geles, membranas, microplacas y placas TLC teñidos con una amplia gama de marcadores fluorescentes. Está especialmente diseñado para la detección de los fluorocromos Cy2, Cy3 y Cy5 utilizados en la tecnología de expresión diferencial en gel (DIGE). Igualmente, se pueden obtener imágenes tanto a partir de placas de fosforescencia (storage phosphor screen) como a partir de muestras quimioluminiscentes.

8.- ProteinScape 4

Plataforma bioinformática para el almacenamiento y procesado de datos de espectrometría de masas. Organiza todos los datos relevantes para todos los tipos de proyectos proteómicos – incluyendo datos LC, datos de geles, espectros de masas, parámetros de procesado, resultados de las búsquedas y datos cuantitativos-. Proporciona a los investigadores una herramienta para el análisis y evaluación de datos de proteómica y glicómica.

9.- PDQuest™ Basic y Advanced 8.0 de Bio-Rad

Programa de análisis de imágenes obtenidas a partir del escaneado de geles mono- y bidimensionales de proteínas. La Unidad dispone de una licencia de este programa que permite trabajar con él en red, hasta 2 usuarios de forma simultánea.

10.- Equipo de electroforesis bidimensional de Bio-Rad

Compuesto por:

– 1 unidad de electroisoenfoque Protean IEF Cell, permite la separación de las proteínas en función de su punto isoeléctrico en tiras de 7, 11 17,18 y 24 cm y de diferentes rangos de pH, lineales y no lineales.

– 1 cubeta Criterion Dodeca Cell y 1 unidad PowerPac HC, permiten correr de forma simultánea hasta 12 geles  de 13,3 x 8,7 cm que pueden acomodar tiras de 11 cm.

– 1 cubeta de tinción Dodeca Stainer Large, permite realizar la tinción de hasta 12 geles a la vez. Es compatible con Bio-Safe colloidal Coomassie Brilliant Blue G-250 stain, Coomassie Brilliant Blue R-250 stain, SYPRO Ruby, Dodeca silver stain kit (compatible con MS), y el original silver stain kit (no compatible con MS). No es compatible con Silver Stain Plus kit.

11.- Experion de Bio-Rad

Sistema de electroforesis automatizada, que utiliza la tecnología de chips microfluídicos, para el análisis de proteínas y ácidos nucleicos, realizando todos los pasos de una electroforesis basada en gel (separación, tinción, detección de bandas, obtención de imágenes y cuantificación) en una unidad compacta, en un único paso de 30-40 minutos y con cantidades muy pequeñas de muestra.

12.-Akta Purifier de GE Healthcare

Sistema de cromatografía líquida para el análisis y purificación de biomoléculas en la escala desde microgramos hasta gramos, equipado con detector UV y colector de fracciones. Puede trabajar con flujos inferiores 10 ml/min y presiones de hasta 25 MPa. Con este equipo se pueden utilizar un amplio rango de columnas de exclusión molecular, afinidad, intercambio iónico, interacción hidrofóbica y fase reversa. Va controlado por el software UNICORN v 5.11.

13.-Octet RED96 de FortéBIO

Sistema de Interferometría BioLayer (BLI) para la detección y el análisis de interacciones moleculares en tiempo real y sin etiquetas. Permite realizar medidas cinéticas e interacciones intermoleculares por afinidad. Dispone de una gran variedad de biosensores.

Determinación de masa molecular (MW) con MALDI-TOF y ESI-IT

Este tipo de análisis se realiza a partir de muestras en disolución. Las muestras pueden ser proteínas, péptidos, moléculas de pequeño o mediano tamaño, oligonucleótidos de ADN/ARN y otros tipos de polímeros. Se procederá al desalado o eliminación de interferentes si fuese necesario, y se obtendrá el espectro de masas en el rango de masas especificado con un espectrómetro MALDI-TOF o ESI-trampa de iones (ESI-IT).

Identificación de proteínas por huella de masas peptídicas (PMF) y fragmentación peptídica (PFF) con MALDI-TOF/TOF

A partir de proteínas separadas en gel (1D o 2D), o purificadas por cromatografía líquida. El procedimiento estándar incluiría: Recorte automatizado de la banda o mancha (spot) de la proteína, y su posterior destinción y lavado (si se parte de proteínas separadas en geles de SDS-PAGE 2D o 1D), proceso de reducción, carbamidometilación, digestión enzimática con tripsina, «clean-up» o limpieza, cristalización, obtención de la huella peptídica con MALDI-TOF (PMF), procesado de datos e identificación mediante búsqueda en bases de datos con el motor de búsqueda MASCOT .

Para confirmar las identificaciones realizadas por PMF, las muestras también pueden ser analizadas por fragmentación de péptidos (PFF) con MALDI-TOF/TOF, realizando la correspondiente búsqueda en bases de datos.

Identificación de proteínas con nLC acoplada a espectrometría de masas en tándem (nLC-ESI-IT o nlc-msms).

A partir de muestras de proteínas de diversa complejidad, los péptidos resultantes de su digestión enzimática pueden ser analizados en un nanocromatógrafo acoplado a un espectrómetro de masas tipo trampa de iones (nLC-ESI-IT). El procedimiento incluye la carga en un mini-gel, recorte de la banda, proceso de reducción, carbamidometilación, digestión enzimática con tripsina, inyección y separación en el nLC, análisis con el espectrómetro de masas, procesado de datos e identificación mediante búsqueda en las correspondientes bases de datos con el motor de búsqueda MASCOT.

Desalado y concentración de muestras mediante resinas C4/C18 (SPE) y ultrafiltración con filtros de corte de masa molecular

Cromatografía líquida con UPLC y FPLC

Asesoramiento y asistencia técnica en:

– Búsquedas en bases de datos de proteínas, a partir de datos de ms y msms.
– Separación de proteínas mediante electroforesis mono y bidimensional (SDS-PAGE).
– Tinción y escaneado de geles.
– Cromatografía líquida en columna.

* precio por tanda de 32 muestras

** precios por hora

*** Se factura junto con la primera muestra analítica o semipreparativa de cada tanda

**** Precio por placas de 96 pocillos